因此本所最早於民國六十年依上述原由，設置台灣省工礦檢查委員會南區檢查站掌理嘉義縣市以南之勞動檢查，另民國六十八年台北市、高雄市分別改制為院轄市，本所於六十九年將高雄市轄部份之勞動檢查業務移交該所屬單位勞工檢查所辦理、民國六十九年成立新竹科學園區，園區內檢查業務交由國科會科學園區管理局辦理。

        民國七十六年八月一日行政院設勞工委員會辦理全國勞工行政事務，檢查業務除礦場安全由經濟部監督外，均移該會勞工檢查處指揮監督。

        民國七十七年元月十五日台灣省勞工檢查委員會與原掌理勞工行政之台灣省政府社會處，合併成立台灣省政府勞工處。同時將原台灣省勞工檢查委員會所屬台北、新竹、台中、嘉義、高雄五個區檢查站依區域合併改成立北區、中區、南區勞工檢查所等三個檢查所，隸屬台灣省政府勞工處，依法執行勞動檢查工作；南區勞工檢查所轄區包括嘉義縣、嘉義市、台南縣、台南市、高雄縣、屏東縣、台東縣、澎湖縣八縣市，後另於八十八年一月起將金門縣 編列為本所勞動檢查業務範圍。

        依據行政院勞工委員會八十八年六月二十九日台八十八勞人一字第００二九二九九號令訂定發布「行政院勞工員會各區勞動檢查所」暫行組織規程及暫行編制表，本所自民國八十八年七月一日起改隸行政院勞工委員會，變更機關名稱為行政院勞工委員會南區勞動檢查所；嗣經行政院勞工委員會九十一年二月六日勞人一字第○九一○○○五六七四號令修正暫行組織規程及暫行編制表；本所暫行編制表復經考試院九十三年一月十六日考授銓法三字第○九三二三一九五八九號函核備在案。並仍掌理原轄區嘉義以南九縣市之勞動檢查業務。

茲將本所沿革列表如下所示：