綜合課職掌轄內依中華民國行業標準分類中除營造業、土石採取業、製造業以外，適用勞工安全衛生法及勞動基準法之行業勞動檢查業務。近年來擴大指定適用勞工安全衛生法之事業大部分屬本課織檢查對象。
嘉義市、嘉義縣、台南市、高雄市(原高雄縣部份)、屏東縣、台東縣、澎湖縣、金門縣等8縣市(不包含科學園區)。
本課目前編制檢查人力包括課長、技正及檢查員，各員聯繫電話07-2354861，分機：701~710
執行勞工安全衛生法適用之事業單位數計有超過三萬家。其中災害發生率較高的行業為：交通運輸業、漁業…等。災害嚴重率較高的行業為燃氣業，其次為醫療服務業、餐旅業及實驗室等。據此選擇災害發生率較高及嚴重率較高的行業為實施檢查重點，並列入年度專案計劃檢查。
綜合課對於事業單位違反勞工法令之處理，通常依情節不同，採取下列的處理方式：
全部停工：勞工工作場所或機械設備等有發生職業災害之虞，或已發生了職業災害 ，檢查機構得通知事業單位予以全部停工，以免造成災害或導致更嚴重之災害。
局部停工：事業單位違反勞工安全衛生之條件，經通知限期改善而不如期改善或已發生職業災害或有發生職業災害之虞時或違反勞動檢查法第二十八條所定勞工有立即發生危險之虞認定標準，檢查機構得通知其局部停工。
改正或限期改善：除上述情況違反勞工安全衛生條件者之全部停工或局部停工外，事業單位違反一般之勞動條件或勞工安全衛生設施不良者，通知其改正或限期改善。
由縣市政府罰鍰：事業單立違反勞動條件者移送縣市政府予罰鍰處分。
移送法院處理：事業單位違反勞動條件或勞工安全衛生設施不良，情節嚴重，應屬科處行政刑罰者，移送法院處理。
